제주도에서는 공장 설립이 아예 금지된 것은 아니지만, 자연환경 보호와 관광산업 중심의 지역 특성상 까다로운 규제가 뒤따른다. 제주특별자치도는 경관과 생태 보전을 위해 개발행위허가 제도, 경관지구·녹지지역·자연보전지구 지정 등을 두고 있어 공장 신설이 쉽지 않다.
또한 용도지역에 따라 건축물 종류와 규모가 제한된다. 상업지역이나 공업지역이 아닌 곳에서는 공장 설립 자체가 불가능할 수 있으며, 녹지지역에서는 건축물 높이와 면적 등에 엄격한 제한이 따른다. 산업입지 및 개발에 관한 법률, 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따른 승인 절차도 반드시 거쳐야 한다. 특히 산업단지 밖 개별 입지에서는 환경영향평가, 용도지역 조정 등이 필요해 절차가 복잡하다.
다만 공장이 전혀 불가능한 것은 아니다. 제주첨단과학기술단지와 같은 산업단지 안에서는 인허가 절차를 충족하면 공장 설립이 가능하다. 또한 도가 추진 중인 도시계획 조례 개정안에는 층수 규제 완화, 심의 간소화 등이 포함돼 있어 앞으로 일부 산업시설 설립 환경이 완화될 가능성도 있다.
결국 제주도에서 공장을 세우려면 지역 지정, 업종 성격, 규모에 따라 가능 여부가 달라진다. 산업단지 중심의 계획입지는 상대적으로 명확하지만, 개별입지는 여전히 높은 진입 장벽을 가지고 있다.