방위성은 일본 국무대신급 기관으로, 국가의 방위정책 수립과 자위대 운영을 총괄한다. 2007년 1월 9일 이전의 방위청이 개편·승격된 형태로 출범했으며, 헌법 제66조에 근거해 완전한 문민통제 아래 운용된다. 방위대신을 정점으로 방위부대신과 방위사무차관이 정책과 행정을 분담하고, 방위장비청·방위정보본부·기술연구본부 등 내부국을 통해 장비 조달, 정보수집·분석, 연구개발 기능을 수행한다 .
전체 정원은 약 268,000명이며, 이 중 문관직원은 약 21,000명, 자위관(自衛官)은 약 247,000명이다. 연간 예산 규모는 약 7.9조 엔에 이르러 국내 중앙행정기관 중에서도 큰 비중을 차지한다 . 방위성은 국회에 예산과 정책을 보고·승인받으며, 자위대 각부대의 작전·훈련 지침을 하달하고 국방 외교 정책을 조율한다.
해상자위대는 1954년 7월 1일 창설된, 해군 역할을 수행하는 자위대 부대다. 약 50,800명의 인력이 160여 척의 함정과 346대의 항공기를 운용하며, 영해 경비와 해상 교통로 보호, 대잠수함전(대잠전), 기뢰 제거 등의 임무를 수행한다 . 조직은 해상幕僚監部(본부), 자위함대, 5개 지방대, 교육·보급부대로 구성되며, 요코스카 등 주요 기지를 거점으로 활동한다. 해상자위대는 일본이 섬나라라는 지정학적 특성을 고려해 해상 방어의 중추적 역할을 담당하고 있다 .
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